El colegio Juan XXIII se distingue por ser un proyecto educativo con cuarenta años de experiencia en el que lo más importante es la formación integral de la persona.
El Centro se puso a funcionar en Septiembre del año 1967, de la mano de sus dos fundadores: Juan Miguel Sánchez Chacón y Mª Luz Fernández Álvarez, acompañados de un grupo de profesores de Educación infantil. Él, pedagogo y ella, filóloga francesa, pretendían asentar un sistema de enseñanza renovador en la España de aquellos tiempos, un sistema basado en una Escuela activa, nueva o funcional y personalizada para cada alumno.
El nombre del Colegio se eligió como reconocimiento al espíritu renovador de la Iglesia Católica que, paralelamente, estaba impulsando el Papa Juan XXIII en el Concilio Vaticano II.
El Colegio empezó su andadura en unos pequeños locales alquilados en el pueblecillo de Alcobendas. Más tarde, en 1977, el Colegio pasó a ubicarse en el edificio donde se encuentra actualmente, en la calle que lleva desde hace poco tiempo el nombre de su fundador.
Juan Miguel Sánchez falleció en Marzo de 2008 y como reconocimiento a su gran labor educativa en la población, el Ayuntamiento de Alcobendas le erigió el nombre de la calle en la que se encuentra el Colegio.
Hoy en día, el espíritu de trabajo, tesón y responsabilidad de seguir educando generaciones de chicos y chicas sigue intacto y llevándose adelante de la mano de la actual Directora del Centro, Luz María, hija de Juan Miguel y Mª Luz. El proyecto continúa… y van ya cuarenta y cuatro años.